Cơ cấu tổ chức của Ban theo Nghị định số 18/2018/NĐ-CP ngày 02/02/2018 của Chính phủ Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh như sau:
I. Cơ cấu tổ chức
1. Văn phòng Ban Quản lý Lăng.
2. Các đơn vị sự nghiệp công lập
a) Ban Quản lý Quảng trường Ba Đình;
b) Trung tâm Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
3. Các đơn vị chuyên trách phối thuộc
a) Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh, Bộ Quốc phòng;
b) Trung đoàn 375, Bộ Tư lệnh Cảnh vệ, Bộ Công an.
4. Trưởng ban Ban Quản lý Lăng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và mối quan hệ công tác; thẩm quyền và trách nhiệm của người đứng đầu; bổ nhiệm, miễn nhiệm, kỷ luật người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu các cơ quan, đơn vị tại khoản 1, khoản 2 Điều này theo quy định của pháp luật.
5. Văn phòng Ban Quản lý Lăng có con dấu riêng, cơ cấu tổ chức có 5 phòng.
6. Số lượng cấp phó của người đứng đầu các cơ quan, đơn vị quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều này không quá 3 người.
II. Người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu Ban Quản lý Lăng
1. Trưởng ban Ban Quản lý Lăng là người đứng đầu Ban Quản lý Lăng, là Tư lệnh Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm; chịu trách nhiệm trước Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và pháp luật về mọi mặt hoạt động của Ban Quản lý Lăng.
2. Phó Trưởng ban Ban Quản lý Lăng là cấp phó của người đứng đầu Ban Quản lý Lăng, gồm Phó Tư lệnh Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh, Bộ Quốc phòng và Phó Tư lệnh Bộ Tư lệnh Cảnh vệ, Bộ Công an, do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo đề nghị của Trưởng ban Ban Quản lý Lăng; có trách nhiệm giúp Trưởng ban Ban Quản lý Lăng chỉ đạo, giải quyết một số lĩnh vực công tác theo sự phân công của Trưởng ban Ban Quản lý Lăng và chịu trách nhiệm trước Trưởng ban Ban Quản lý Lăng, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công, số lượng Phó Trưởng ban Ban Quản lý Lăng không quá 2 người.